studeerde geschiedenis, filosofie en joodse en Midden-Oostenstudies aan het Brooklyn College en de Brandeis University. Hij doceerde in Duitsland, Jeruzalem en Amerika. Sinds juli 2002 is hij aangesteld als directeur van het Franz Rosenzweig Research Center for German-Jewish Literature and Cultural History in Jeruzalem. Mendes-Flohr is redacteur voor meerdere tijdschriften en schreef talrijke boeken, artikelen en bijdragen. Meer recent verschenen van hem Divided Passions. Jewish Intellectuals and the Experience of Modernity (1990), The Jew in the Modern World (1995; met Jeduha Reinharz) en German Jews. A Dual Identity (1999).