Fukuyama trekt verstrekkende historische conclusies met betrekking tot de overwinning van de liberale democratie en het einde van de twintigste eeuw. Hij zet vraagtekens bij de duurzaamheid van onze samenleving en wijst op de innerlijke tegenspraken van de liberale democratie. In zijn boek Welvaart (Trust. The New Foundation of Global Prosterity, 1995) verduidelijkt hij zijn eerdere standpunten: hij gaat in op de vraag waarom samenlevingen, ondanks overeenstemming over de leidende concepten van liberalisme en kapitalisme, van elkaar als dag en nacht verschillen. Hij wijt dit aan de mate waarin mensen beschikken over zogenaamd sociaal kapitaal, over het vermogen om elkaar te vertrouwen (trust). Hiermee plaatst hij de culturele dimensie centraal. In 1999 laat Fukuyama in The Great Disruption (De grote scheuring) zien dat de grote scheuring van de jaren zestig en zeventig plaatsmaakt voor een reconstructie, nu in de westerse wereld een nieuw stelsel ontstaat van sociale en morele waarden die horen bij de postindustriële samenleving. In De nieuwe mens (Our Posthuman Future, 2002) analyseert Fukuyama de maatschappelijke kansen en risico’s van de biotechnologie, en geeft hij zijn visie op de ontwikkelingen. In 2004 verscheen zijn meest recente boek, State Building: Governance and World Order in the 21st Century (Het bouwen van een staat, 2004), waarin hij helder uiteenzet wat het belang is van stabiele staten, aangezien zwakke of mislukte staten de grootste bedreiging voor de wereldvrede vormen.